De Muiderkerkgemeente maakt deel uit van het samenwerkingsverband Protestantse Kerk Amsterdam-Oost (PKAO), waartoe ook de Elthetokerk en De Binnenwaai - Kerk op IJburg behoren. Voor de gemeenschappelijke activiteiten, met name op het diaconale vlak, heeft de PKAO een eigen website. De drie kernen hebben een gemeenschappelijke nieuwsbrief : Oostbrieven. Hier kunt u zich inschrijven.

In de Muiderkerk zijn er elk jaar vele sociale, politieke en kunstzinnige activiteiten, bijvoorbeeld eens in de paar jaar een musical, en elk jaar een druk bezocht korenfestival. Van veel activiteiten worden foto's gemaakt. Tenzij anders vermeld zijn ze gemaakt door Hennie van Nieuwkoop. Hier is het archief te vinden.