De diensten beginnen om 10.30 uur. In de zomer is er een zomerrooster.

Op zondag om 10.30 is er altijd een kerkdienst. Vanaf september 2026 wordt de eerste en derde zondag van de maand een dienst georganiseerd door Citykerk. De tweede, vierde en eventueel vijfde zondag van de maand is er een dienst van de Muiderkerkgemeente. De diensten zijn on-line te volgen via Kerkdienstgemist. Meer informatie over Citykerk is te vinden op https://citykerk.amsterdam/

Wanneer de bijbel opengaat en er gezongen, gebeden en gedeeld wordt, voelen velen zich thuis. Op elke vierde zondag van de maand delen we brood en wijn in een viering van schrift en tafel. 

Gedurende het jaar is er een aantal bijzondere diensten in de Muiderkerk. Christelijke feestdagen als Kerst, Pasen en Pinksteren vieren we met bijzondere diensten. In deze diensten is veel aandacht voor muziek, samen zingen en samen zijn. Vaak zingt de cantorij en soms speelt een klein ensemble.

Soms is er een doopdienst, waarin een of meer kinderen of volwassenen worden gedoopt. Dit zijn altijd extra feestelijke diensten.

De Muiderkerk heeft regelmatig een gezamenlijke dienst met de andere kerken in de buurt, zoals de Eltheto kerk en de Binnenwaai (Kerk op IJburg). Dit doen we vooral rond Christelijke feestdagen zoals rond Pasen, Hemelvaartsdag en Pinksteren. 

In de zomervakantie zijn er gezamenlijke diensten: afwisselend in de Muiderkerk, de Binnenwaai en de Elthetokerk. 

Bij de kerkdiensten van de Muiderkerk (op de tweede, vierde en eventueel vijfde zondag van de maand) is er kindernevendienst voor de kinderen van 4 tot 10 jaar.

De kindernevendiensten sluiten aan bij het thema van de kerkdienst. Er wordt een verhaal verteld in de lijn van de preek of uitleg, waarop de kinderen kunnen reageren. Daarna wordt er geknutseld of een spelletje gedaan, indien mogelijk ook aansluitend bij het thema. Tegen het einde van de dienst gaan de kinderen weer terug naar de kerk, waar ze het slot van de dienst bijwonen.