De Muiderkerkgemeente, maakt samen met de Elthetogemeente en De Binnenwaai - kerk op IJburg deel uit van de Protestantse Kerk Amsterdam Oost (PKAO).
Voor informatie over de Muiderkerkgemeente als Algemeen Nut Beogende Instelling (ANBI) ivm met aftrekbaarheid giften, wordt verwezen naar financiële pagina op de site van de Protestantse Kerk Amsterdam.